پروتئین ها ساختارهای کاملاً حجیمی هستند و پروتئینی که به ملکول های DNA وصل می شود منجر به افزایش قابل توجهی در جرم ملکولی می شود. اگر این افزایش را بتوان تشخیص داد، قطعه DNA حاوی محل اتصال پروتئین مشخص خواهد شد. در عمل می توان قطعه DNA حامل پروتئین اتصالی را بواسطه حرکت کندتری که نسبت به DNA فاقد پروتئین اتصالی دارد با ژل الکتروفورز مشخص کرد. این روش به عنوان تاخیر حرکت در ژل (به انگلیسی: Gel reta...