بانک داده پروتئین (به انگلیسی: Protein Data Bank) (به اختصار PDB) منبعی برای داده های ساختار سه بعدی پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک است. این داده ها عموماً توسط بلورنگاری پرتو-ایکس یا بیناب نمایی ان ام آر به دست می آیند و توسط زیست شناس ها یا زیست شیمی پیشه ها از سراسر دنیا برای دسترس عموم آن جا گذاشته می شوند. مدیریت این پایگاه داده با سازمانی به نام بانک داده جهانی پروتئین (wwPDB) هستند.Protein Da...