از جریمه های پرش برای تطابق توالی (sequence alignment) استفاده می شود. جریمه های پرش به محاسبۀ کلی امتیاز تطابق ها کمک می کنند، و بنابراین، نسبت اندازۀ جریمۀ پرش به تعداد درایه های ماتریس شباهت (similarity matrix) تطابقی که نهایتاً انتخاب می شود را تحت تأثیر قرار می دهد.Taylor WR، Munro RE (۱۹۹۷). "Multiple sequence threading: conditional gap placement". Fold Des ۲ (۴): S۳۳-۹.Taylor WR (۱۹۹۶). "A ...