الگوریتم ناسینوف (Nussinov Algorithm) حداکثر تعداد جفت بازهای ممکن یک توالی اسید نوکلئیک داده شده را محاسبه می کند. در مرحلهٔ بعدتر، ساختار دوم با حداکثر تعداد جفت بازها(base pair) می تواند ساخته شود. این الگوریتم روش های برنامه نویسی پویا را به کار می برد.Stefan Wuchty, Walter Fontana, Ivo L. Hofacker, Peter Schuster: Complete Suboptimal Folding of RNA and the Stability of Secondary Structures. I...